Hola,
Igual este ejemplo te puede ayudar:
http://robotgrrl.com/blog/2010/01/15/arduino-to-matlab-read-in-sensor-data/
Por cierto, estas seguro que tu Arduino esta en el COM3? Es el puerto que tienes seleccionado cuando programas tu Arduino? (ya se que parece obvio, pero a veces..... 
)
