Arduino Mega startet Programm nicht

Bist du sicher, dass du 5V an V_in angeschlossen hast? Das dürfte zu wenig sein, erklärt allerdings nicht das merkwürdige Verhalten.
Wenn die Versorgungsspannung 5V beträgt musst du "hinter" dem Spannungsregler rein, also am 5V-Pin.