el led parpadea porque el arduino viene por defecto con un programa que hace eso.
cuando conectas el arduino te sale el puerto COM40 unicamente? es de tipo bluetooth? yo no he trabajado con esta placa pero no deberia aparecerte un puerto com del propio arduino del tipo "puerto de serie" para enviar por ahi los programas? mira a ver en el administrador de dispositivos si tiene sun dispositivo marcado como con "fallo" y agregale los drivers correctos para que te lo detecte como "serial port"