finalement, je n'en sais rien 
je crois surtout que terminer le code et la carte par deux nuits blanches d'affilée, ça n'avait vraiment pas aidé.
J'ai passé une journée avec le PC chez le client, à bidouiller le code en direct sur le groupe, et finalement, à un moment, pouf, ça a marché. Mais alors précisément pourquoi, je ne saurais le dire. Je pense que j'avais une tempo qui reset avant la fin lors de la détection de rotation du moteur à cause de deux appels à la même tempo mal imbriqués.
Mais sans certitude, vu que j'ai toujours la liaison USB qui bug lors du démarrage moteur, je ne peux pas suivre le déroulement.
En tout cas ça fonctionne.