Also beim Betrieb vom USB Port darf der Host zumindest nach Standard den Port abschalten. Das geht also schonmal nicht. Ich würde solche hohen Ströme nichtmehr über das Arduino Board schalten. Das machst du am besten mit ner einfachen Treiberschaltung aká MOSFET. Je nach Aufbau würde ich auch versuchen die 5V vom Arduino und die 5V von deinem Verbraucher zu trennen, damit du nicht durch Spannungsschwankungen den ATmega abschießt.
Auf keinen Fall (aber ich glaube das weist du auch) solltest du die 700mA aus den IO Pins des ATmega ziehen.