Es ist am Ende doch egal womit du die Hex erzeugst. Wenn du den Bootloader runterschmeisst du dein Programm fertig hast kannst du es in echtes "C" überstetzten und dann mit AVR STudio weiter bearbeiten. Dann bist du sowieso raus aus der cc. Die Hex ist sowieso kaum herrauszufinden womit sie erstellt worden ist.
Das Porblem der ganzen Sache sind die Punkte die mein Vorschreiber schon schrieb. Das das Programm auch 100% sicher ist und auch wirklich zu allen Zeiten läuft ohne das der AVR abschmiert.
Gruß
Der Dani