Rferreira,
Tem q ver se alguma porta tem função especial. Exemplos:
Hw uart apenas pinos 0&1.
SPI (miso/mosi/sck) 13,12,11...
PWM soh em alguns ae tb.
No mais é apenas questao de um search & replace no source p/ escolher as portas q vc qr.
Se o prog foi gente fina fez um #define pra gente na header neh 