BrainBooster:
chissà come si comporta con altri terminali diversi dal serial monitor...
Se non apri e chiudi la sessione a 1200 baud non dovrebbe resettare.
Bisognerebbe controllare se anche il serial monitor apre e chiude la sessione, ma forse non è così.
Quindi vai di reset fisico per reinizializzare la scheda.
Anche perché se cosi fosse lo sketch ti partirebbe sempre con 8 secondi di ritardo dopo il bootloader (di 4kb 
)
EDIT: Stavo pensando che il boot è così grande forse perché c'è dentro la logica del reset.