Mah... mi sorge un dubbio che il firmware sia tutto il software senza distinzione con il bootloader. Mi pare strano che siano ben 40 KB quando il 2009 ce l'ha di 1,5 e l'Uno di 0,5 kB.
Boh... non so che dirti. Prova e fammi sapere, al max ripulisci l'Atmega rimettendoci il bootloader di Arduino.