Ich gebe auf, das wird mir doch alles zu kompliziert.
So wie das also jetzt kodiert ist hättest Du die Interruptbearbeitung auch gleich weglassen können.
Genauso werd ich das wohl auch machen:
wenn der PWM-Pin schon mit Digital-Pin2 (Interrupt0) verbunden ist,
könnte der ja als Eingang definiert werden und in der Messroutine
wird per Endlosschleife gewartet bis er LOW-Pegel hat,
vorher vielleicht noch auf HIGH-Pegel warten, damit der Zeitpunkt der Messung immer gleich ist.
Das entspräche auch einem Prg.Code, bei dem ich noch durchblicke.
So ungefähr:
Messung(); // ohne Interrupt
void Messung() {
while (digitalRead(2) == 0) {
// auf HIGH-Pegel warten
}
while (digitalRead(2) == 1) {
// auf LOW-Pegel warten
}
Wert_IN_tmp = analogRead(Pin_Akku_IN); // Spannung des Akkus messen
}
Udo, an dieser Stelle möchte ich mich mal bei dir für die großartige Hilfe,
Informationen und natürlich deine Geduld 
ganz herzlich bedanken.