Como é um relé, acredito que não aqueca muito... mas ainda assim, convém ter isso em atencão.
O ICSP é sempre aquela coisa... são mais 2 contactos que tens de criar, e depois tens de garantir que não colocas o ligador ao contrário ou podes queimar algo (eu já queimei uns dois gravadores da ATMEL à custa disso). A solucão costuma ser a utilizacão duma ficha com 8 ou 10 pinos e criar uma chave. Ou seja, enches um dos buracos (sem uso) da ficha fêmea com cola e cortas o pino correspondente no macho. Assim garantes que nunca vais meter os fios ao contrário.
O bootloader não tem esses problemas.
Algo a ter em conta, no entanto, é que se usares o ICSP podes baixar a frequência do relógio do AVR (ou seja, diminuir a potência consumida). Mesmo usando o oscilador interno, existe um fuse que divide a frequência por 8, então o chip correria a 1MHz. Isto porque a tua aplicacão pode não se dar bem com modos sleep... Então sempre ajuda a baixar a potência dissipada.
Sim, podes criar um RTC com o chip da ATMEL, mas infelizmente não com o Arduino (o Arduino já lá tem um cristal). No entanto, nas tuas placas podes ter isso. Eu vou tentar meter um tutorial no meu site sobre essa biblioteca e faco update do post. eh eh
Podes usar o código e a IDE do Arduino com ou sem bootloader. 