Sì, ho capito.
Ma non posso aiutarti più di tanto perché per i tempi che servono a te occorrerebbe un oscilloscopio per vedere in quanto reagisce il timer a queste continue attivazioni/disattivazioni, strumento che io non ho. Cambiare valore di OCR1A in corsa non è un problema. Il problema secondo me nasce dall'attivazione/disattivazione del timer. Secondo me il timer riparte (non può non ripartire come dici tu) ma con un certo ritardo, per cui salti delle letture.