Se usi l'Atmega2560 hai a disposizione 8 interrupt esterni, non 2 come nel caso dell'Atmega328. Per cui dovresti essere a posto senza dover ricorrere agli interrupt di cambio di stato (PCINT).
Se usi gli interrupt, questi restano attivi anche in modalità asincrona, cioè senza clock di sistema (quindi col chip in sleep) ma solo per "sentire" lo stato LOW. Ma questa è la condizione che ti serve, giusto?