Lo de los 50 días tiene que ver con que usa 4bytes de memoria para el contador de tiempo (mira la función millis())
Efectivamente durante un delay se detiene la ejecución del programa, lo que puedes hacer es declarar un if() en el que compares el tiempo actual con el que tenías cuando activaste el relé, si es mayor que el tiempo preestablecido, lo apagas, sino, sigues a tus cosas 