Il diodo in serie ai 12V abbassa il valore di 0,7V, quindi avrai sul partitore 4,1 invece di 4,8, ma sarà comunque uno status HIGH. Magari se riuscissi a postare lo schema di ciò che stai realizzando ti si potrebbe aiutare a trovare una soluzione efficiente per i timori che hai. Un diodo in serie ti salvaguarda solo da inversioni di alimentazione + e -, non certo da inversione tra 5V e 12V 
Ci sono molti modi per proteggere un circuito, e fai molta più bella figura che a darne uno che alla prima disattenzione faccia il botto; se fornisci un circuito protetto te ne puoi far vanto e ti "prenoti" per il prossimo lavoro, altrimenti, metti che brucino tutto dopo 2 giorni, sei sicuro che ti darebbero nuovamente fiducia, anche se dimostri che è colpa loro?