"Si el fototransistor conduce (entiendo que es cuando recibe luz) entonces el transistor recibe corriente por la base y el circuito se cierra (circuito 5V-R10K-NPN-GND) con lo que en "Signal" tendré corriente (no se cuantos voltios).
Si no hay luz la base del transistor no recibe corriente y el circuito está cerrado por lo que en "Signal" tendré 0 voltios."
No, veamos el caso del esquema que has puesto. Si el fototransistor recibe luz conduce de manera que habrá una corriente 5v - 10k- NPN - 0v de unos miliamperios, tu estas cogiendo la señal (tensión, no corriente) desde el colector que en este caso es la caida de tension que existe entre colector y emisor ( alrededor de 0,3 a 0,7 voltios, depende del tipo de transistor) por lo tanto un "cero" lógico.
Si no hay luz el transistor no conduce, por lo tanto no hay corriente ( y hacia el microcontrolador tampoco o inapreciable), de manera que por la resistencia no hay corriente, por lo tanto no hay caida de tensión, y tendremos 5 V en el colector, "uno" lógico.
En resumen
conduce? "0" lógico (unos 0,3 voltios)
no conduce? "1" lógico ( 5 voltios)
la otra configuración que te expliqué es justo al revés ( 5V - NPN - 10K - 0 V y cogiendo la señal del emisor)
conduce? "1" lógico (unos 4,7 voltios)
no conduce? "0" lógico (0 voltios)
Un saludo
2ª edicion
Se me olvidaba, el condensador no es estrictamente necesario, tan solo es un filtro que elimina ruido de alta frecuencia.