si tu veux essayer de souder des smd tu as un tutorial chez sparkfun SMD How To - 2 - SparkFun Electronics
Mais bon perso j'ai jamais osé... 
Sinon pour avrdude c'est le logiciel qui est intégré dans l'arduino et utilisé pour faire un "burn" de l'atmega168.
Au début ils utilisaient uisp mais comme ce logiciel n'est plus maintenu par la communauté open source ils sont passé a avrdude.
En fait l'IDE arduino utilise un programme externe (avrdude) qui s'utilise normalement a la ligne de commande.
Nicolas