¿El problema es que no aparece el puerto o que no puede escribir en él? En mi caso, creo que en administrador de dispositivos sí aparecía, pero a la hora de cargar, me finalizaba con dude avr timeout o algo así. Mi teoría (sin tener ni idea de cómo se desencadena el proceso de grabación) es que el bootloader se ejecutaba y antes llegarle datos enseguida el setup de mi programa establecía las interrupciones que impedían el funcionamiento normal del bootloader, hasta que dando el reset en el momento oportuno (creo que fue un segundo o así después de comenzar la fase de grabación)entró de lleno en el bootloader sin permitir iniciar setup.