No por exceso de información, estar mucho tiempo prendida no genera ningún tipo de inconveniente de por si, de hecho suele aumentar la vida útil de una maquina quedar prendida que prenderse 2 veces por día como sucede en algunos casos. Lo que si puede pasar es que alguna utilidad haya usado el puerto de serie y deje algún archivo temporal que moleste al arduino, y al no reiniciarse hace mucho ese archivo no se elimina... puede ser un temporal u otro tipo de dato que intervenga con el funcionamiento del puerto. Reiniciar la maquina puede solucionar el inconveniente, mientras buscaba una solución para el mío vi que muchos solucionan este tipo de problemas al reiniciar las computadoras... vi en un par de lugares cosas como: ...a mi en general se me soluciona con tal o cual cosa pero la única solución que funciona siempre es reiniciar la PC...
No comente de esto porque asumí que habías reiniciado la maquina, pero si no se puede por algún motivo habría que investigar un poco mas o intentar en otra maquina que si se pueda reiniciar para descartar problemas con el arduino.
JS