O diodo é para proteger o circuito de uma alimentação inversa [ eu sou azarento, e acontece muitos incidentes(ja descarreguei 3 baterias 9v e um mês!) ],
Sei o que isso é... desde então que coloco uma ponte de díodos em entradas de alimentacão onde é possível de polarizar erradamente. Sim, fica um pouco mais caro... mas muito mais barato que reparar a placa. 
e o S1 é para ligar/desligar( quando eu vou programar um novo horário/data, tenho que desligar e ligar o C.I. ( tirar e botar a bateria ).
Não percebi porque precisas de tirar a bateria. :\