ekjk:
Ho provato a schermare e la situazione è migliorata molto ma secondo me ho EMI ancora forti perché capita che si blocca proprio e credo che il disturbo agisca su i pin xtal.
Quanto è distante il quarzo dal ATmega ?
Stai provando su breadboard, causa primaria di molti problemi, oppure su millefori o pcb reale ?
Sei sicuro che le capacità di carico del quarzo sono quelle giuste ? Il primo sintomo sono proprio arresti casuali del clock.
Che si tratta realmente di problemi EMI è una possibilità molto remota, servono livelli ben oltre quelli ammessi per legge per mandare il blocco l'oscillatore, se è realmente così allora hai grossi problemi di contorno ad Arduino.