Non ci fare caso Alex, io e Leo discutiamo sempre su questa cosa, ma per te il problema non si pone: qualunque versione sia precaricata il tuo rduino avrà le sue normali funzionalità, ciò di cui discutiamo è la programmazione ISP che per il momento non userai di certo e se quando la userai si dovesse verificare il problema avrai due soluzioni possibili: aggiornare il bootloader (si può fare) o infilare un condensatoe tra due pin dell'header laterale di Arduino, solo per la fase di programmazione; e comunque non è affatto detto che il problema si presenti.
Compra tranquillamente il micro dallo Store e non ti preoccupare di altro.