Dunque vedo ora che stai usando un alimentatore da 6V, sono troppo pochi, quindi è probabile che la scheda sia alimentata male, quindi conviene comunque fare le prove con la USB. Cosa hai collegato alla Leonardo oltre al LED IR?
Circa il LED IR, sei sicuro che operi correttamente a 38KHz? Alcuni lavorano su gamme vicine ma comunque differenti, questo potrebbe giustificarne tale comportamento; riguardo il transitor, se posti il link da cui scaricare la libreria, possa dare un'occhiata e vedere se riesco a farti uno schemino, ma sono stra-convinto che non si tratti di un problema di potenza, se fai la prova a dieci cm di distanza assolutamente non può essere un problema di potenza.
invece non è che hai lampade a risparmio energetico o neon accesi o altra strumentazione che possa generare disturbi? Fai una prova completamente al buio con tutto spento, ma comunque ricollega l'USB e stacca l'alimentatore da 6V, è inutile.