Es ist am Ende doch egal womit du die Hex erzeugst. Wenn du den Bootloader runterschmeisst du dein Programm fertig hast kannst du es in echtes "C" überstetzten und dann mit AVR STudio weiter bearbeiten. Dann bist du sowieso raus aus der cc. Die Hex ist sowieso kaum herrauszufinden womit sie erstellt worden ist.
Ich möchte ja nicht pedantisch sein, aber so einfach ist das mit den Lizenzen nicht. Bei der Arduino-Software kommt das in vielen Fällen hin, weil die Bibliotheken meist unter LGPL verbreitet werden (oder etwas noch weniger Bindendes), sollte aber eine Bibliothek unter GPL veröffentlicht sein, ist es mit der oben beschriebenen Prozedur nicht getan. Es ist sicher schwierig, herauszufinden, mit welcher Bibliothek etwas erstellt wurde, aber unmöglich ist es nicht. Es wurden auch in Deutschland schon Prozesse deswegen geführt und in allen mir bekannten Fällen von den GPL-Verletzern verloren (OK, war in allen Fällen Code der unter Linux lief, aber das ist nicht relevant).
Übrigens ist Arduino-Code bereits "echtes C", genauer echtes C++. Ob der Code mit der Arduino IDE übersetzt wurde oder mit AVR Studio tut hingegen gar nichts zur Sache.