Però nessuno mi ha risposto in merito ai miei dubbi.
Da questo link http://www.atmel.com/tools/ATMELAVRTOOLCHAIN3_2_3FORLINUX.aspx ho scaricato gli ultimi due. Questi contengono, il primo delle patch che riguardano tutte avr32, il secondo sono dei sorgenti che contengono solo file di intestazione.
Tutte le patch per gcc e binutils si riferiscono ad avr32 e anche guardando dentro non c'è nulla per avr mega 8 bit ma neanche per attiny. Ora io vorrei capire cosa ha di diverso questa benedetta toolchain di Atmel che non c'è nella versione presente nei repo di avr-gcc, avrlibc ecc.
@Leo quel link non l'ho guardato ancora, proverò a dargli una occhiata anche per capire cosa scarica e da dove.
Tu dicevi che non sai dove mettere i file, provo a darti una dritta sulla base delle mie esperienze. dpkg dovrebbe avere una opzione per vedere la lista dei file (compresi i percorsi) presenti in un pacchetto, rpm ad esempio c'è l'ha, basta rpm -qlp nomepacchetto.rpm oppure se è installato basta rpm -ql nomepachetto (es rpm -ql inkscape). Così dovresti essere in grado di capire dove vanno i file appartenenti alle binutils ecc.
Ma il problema principale risiede in arduino ide che dovrà usare i strumenti "nuovi" prendendoli da un percorso ben definito, come fare non lo so.
Ora se Astro mi illumina, visto che lui è già avanti provo anche io a raggiungerlo, sempre che non sia irrangiungibile 
Ciao.