Hab dein Problem nicht verstanden, aber:
Aber, wenn ein delay deine "wie auch immer"-abfragen unterbricht, dann ist nen counter, der erst ab überlauf was tut schon die richtige wahl. Wenn eh nen Motor nonstop durchläuft, ist's egal ob der arduino nen paar mA verbrät.....
Ansonsten: Wo die Lichtschranke (oder sonstwas) gesetzt ist, ist ziemlich deine Sache. Was mir dazu nocheinfällt: Könntest auch gucken, ob nochn Huhn oben ist, anstatt zu prüfen, ob 3e unten sind. Dann haste dein "Huhnn ging daneben"-problem gelöst.
PWM zum geschwindigkeit-steuern läuft?