Paso 1: el mega ya tiene cargado el arduino as ISP
Paso 2: hacer las conexiones correspondientes entre paperduino y el mega
Paso 3: cargar el paperduino con el bootloader
Paso 4: Escribir el sketch.
Paso 5: En el ide de Arduino asegurarte que el programador sea "Arduino as ISP" y escoger la tarjeta a programar según el micro que tenga el paperduino.
Paso 6: En el arduino ide ir a "archivo">cargar usando programador.
done.....