main.c aufruf aus dem ordner ".../cores/arduino"

Aber hier steht es jedem frei, auf eine andere IDE wie AVR Studio mit AVR-GCC umzusteigen...
...
So mach ich's persönlich und lass die Arduino-IDE denen, für die sie gedacht ist.

@voithian
So soll es doch sein. Jeder nutzt das Werkzeug welche seine Bedürfnisse abdeckt.