Per Win e Per Linux ... Atmel ha sempre fornito la Toochain già compilata ... è per Mac che non la fornice mai ... 
Per il resto ... la procedura è simile in tutti e tre gli ambienti ... si tratta di sostituire una cartella recuperando un paio di cose dalla vecchia che nella Toolchain non sono comprese ... praticamente il punto 6. delle istruzioni per Win :
6 - Copiare la cartella "etc" e il programma "avrdude.exe" dall'installazione originale, si trovano rispettivamente in "..\arduino-xx\hardware\tools\avr" e ".\arduino-xx\hardware\tools\avr\bin", nelle stesse posizioni della versione modificata dell'IDE.
... volendo ... si potrebbe anche sostituire avrdude con la nuova versione 6.0.1 
Guglielmo