astrobeed:
Verifica se i pin 9 e 10 cambiano di stato quando usi la digitalwrite, se lo fanno è quasi impossibile che l'ATmega sia difettoso, se non lo fanno controlla direttamente su i pin del micro, potrebbe essere un problema di pcb o di saldature.
Se i pin 9 e 10 non cambiano di stato in nessun modo allora sei più che sicuro che sono danneggiati, però potrebbero essere ancora funzionanti come ingressi.
I pin cambiano perfettamente stato con digitalwrite (altra cosa strana) e ancor più strano passano dallo stato logico 0 allo stato logico 1 anche con analogwrite(255).
Secondo me è proprio il timer dell' atmel che controlla il pwm su quei pin che è andato a farsi friggere, non vedo altre spiegazioni.