Hola,
La placa de Arduino dispone de una conexión USB (que en realidad es un puerto serie). Tiene un chip de FTDI que te crea un puerto serie virtual en tu PC, por lo que de cara al software se trata de un puerto serie convencional.
Matlab dispone de control de puerto serie y supongo que Labview también.
En Matlab es muy sencillo de controlar. En la ayuda de Matlab te viene todo detallado acerca del objeto serial.
Por ejemplo:
s = serial('COM90');
set(s,'BaudRate',19200);
fopen(s);
Te crea el objeto s, vinculado al COM 90, te lo configura a 19200 baudios y te abre el puerto...
Si quieres, también puedes usar Excel => Tinkering with Electronics...: Uniendo Excel con Arduino
Saludos
Igor R.