Hola,
no entiendo muy bien: ¿quieres leer líneas de texto, pero no secuencialmente, si no eligiengo tú la línea en cada caso? Para eso se supune que tienes una lista de posiciones del comienzo de cada línea, por ejemplo en un long posiciones[MAX_POSIC]. ¿Tienes esa lista de posiciones? Para usar seek() o tienes el fichero organizado en registros de longitud igual, o necesitas una especie de índice de comienzos de línea en un array long. La otra posibilidad es no usar seek() e ir leyendo secuencialmente las líneas hasta llegar a la que interese.