A livello di programmazione non ti posso aiutare molto (diciamo la verita', di programmazione capisco la classica mazza ... :P) , a livello di hardware ne avevo realizzati un po di tipi diversi per i miei vari diodi ... quindi in questo senso qualcosa si puo fare ...
Considera prima di tutto una cosa, siccome quei diodi, data l'alta potenza di uscita, NON incorporano alcun fotodiodo di controllo, non e' possibile realizzare un driver con controlli a retroazione (il che significa, fra l'altro, che non e' possibile, a meno di un'assemblaggio meccanico particolarmente complesso, leggere la potenza effettivamente emessa ... sarebbe necessario usare uno specchietto dicroico all'1%, oppure una lastrina di vetro sottile, per riflettere una parte della luce emessa su un fotodiodo messo a parte, ecc ... non molto pratico), quindi in genere la potenza di quei tipi di diodi si regola "ad occhio" mediante la regolazione della corrente, basandosi su tabelle di emissione pubblicate da hobbysti che hanno gia sperimentato (e fritto diodi) in quel senso ... anche perche' poi leggere la potenza effettiva richiede un LPM, e non credo sia il caso di comperarne uno apposta ... io un paio li ho costruiti nel tempo, ma non e' una realizzazione semplice, e richiedono anche quelli una taratura ...
Quindi, come base del driver, serve un mosfet di potenza, possibilmente con la maggiore corrente disponibile ... non perche' debba regolarne tanta, ma perche' per i mosfet, piu la corrente sopportata e' alta, e piu in genere la RdsON e' bassa (resistenza interna del mosfet in conduzione) ... e questo si riflette sia sull'efficenza, sia sulla dissipazione di calore ... giusto come esempio, se per comandare 2A su 12V uso un IRFU220N, che regge tranquillamente 5A, ma ha una RdsON di 600milliohm, mi farebbe cadere 20.6=1.2V, e dissiperebbe in calore 1.22=2.4W ... se per fare la stessa cosa invece usassi un'esagerato IRL7833, che regge 150A ed ha una RdsON di 4.5 milliohm, mi farebbe cadere 20.0045=0.009V, e mi dissiperebbe in calore 0.0092=0.018W ... una bella differenza 
Per quanto riguarda invece il controllo via seriale, io non mi fiderei ... quando si tratta di usare laser di potenza relativamente elevata, io preferisco sempre la connessione diretta ed il controllo diretto ... se la seriale va in tilt mentre il laser e' acceso, che succede al pezzo che c'e' sotto ? ... meglio pilotaggio diretto dall'MCU, se proprio si deve ... per le temperature ed i controlli anche ...
Per quanto riguarda la regolazione della luminosita' in PWM, non preoccuparti, che e' lo stesso sistema che usano nei proiettori da cui estraggono quei diodi ... sono pilotati in PWM oltre i 100KHz senza alcun problema (un diodo laser lo puoi pilotare anche ad 1MHz senza creargli alcun problema, se il tuo driver rispetta tutti i parametri richiesti), quindi usare il PWM di arduino, o meglio ancora un semplicissimo circuitino PWM con un 555 o simile, magari pilotato da un'uscita analogica di arduino, e' la soluzione piu semplice ... se poi ci si aggiungono un paio di porte logiche, hai la possibilita' di implementare tutta la circuiteria di controllo e sicurezza a bordo macchina ...