sì ma no.
ti spiego.
il primo sistema, se pasas dal jack e quindi dal regolatore, ritorna 5V spaccati a causa di quest'ultimo. Quindi puoi usare l'analogread (che di default usa come riferimento i 5V) per misurare la tensione del pacco batteria PRIMA del regolatore (quindi serve un partitore di tensione).
il problema è che quando passi al pacco USB, i 5v sono presi direttamente dal pacco, che probabilmente NON è regolato. Quindi il suo voltaggio cambia nel tempo e ti cambia il riferimento, e quindi ti sballa capire quando il pacco ricaricabile è carico.
puoi usare il riferimento interno a 3,3v, ma perdi precisione sulla stima della carica della batteria.. ma potrebbe essere una buona soluzione comunque