Seguramente la maniobra de la caldera vaya a 24v o 220v y los elementos receptores (bombas, Electrovalvulas, etc...) van a 220v . Los electrodos cuidado porque tienen un trafo a 1 kV mas o menos.
Como estas tensiones no son aptas para el arduino, debes de poner un rele en paralelo con cada uno de los receptores a controlar, y aprovechar sus contactos para realizarte un maniobra propia a 5 voltios.
Monitorizar la temperatura de la llama no tiene mucha aplicación, ademas de que te va a fundir el sensor en cuatro dias. Te recomiendo que midas la temperatura de humos en la chimenea, que por normativa debe de estar por debajo de 250ºC. Ademas con algunos calculos y datos mas, puedes calcular el rendimiento de la caldera, y así saber si se te ensucia, se ha averiado, etc...