l'Atmel16U2 si sia deprogrammato. E' possibile che si sia bruciato?
Mi sembra un po' strano, mai sentito che un chip si sprogrammi senza adeguata intenzione con appositi collegamenti e compilatori
Può essere che la USB del tuo pc sia andata in protezione e quindi temporaneamente disabilitata, magari hai chiesto troppa corrente, non so dici molto poco.
Hai riavviato? hai provato su un altro pc?
Hai provato a infilare l'usb in un altro buco 
come alimenti la scheda, solo da USB?
Hai provato a reinstallare i driver? Li trovi nell'IDE nella cartella driver.
che IDE usi?
ciao