O problema não é tanto descompilar o código... mas fazer cópias do sistema.
bcas:
Simples, remova fisicamente o conector usb! hehehe
afinal, para que você precisa "bloquear" o código?
Somente quem souber do que se trata e souber interagir com o IDE vai poder "conhecer" o seu código...
Não necessariamente... imagina que ele está a vender um produto novo... alguém pode tirar o binário de dentro do Arduino e gravá-lo num chip novo.
Não é por nada que os AVR têm a possibilidade de bloquear o código.
Para responder à pergunta inicial, para bloquear o código dentro do Arduino tens de alterar uns fuses para bloquear o chip.