Il fuse basso E4 attiva l'oscillatore interno. Probabilmente in quella discussione ho suggerito quei valori per poter flashare il firmware su un micro montato in standalone senza quarzi esterni. Però dopo va riprogrammato il fuse nuovamente per attivare l'uso dei 12 MHz esterni.
Dico "probabilmente" però perché non ricordo quella discussione e non ho ora voglia di rileggermi tutte le pagine.
$FF per il fuse basso attiva invece l'uso di un quarzo esterno con clock superiore a 8 MHz, sarebbe quindi un valore corretto.
Relativamente al fuse alto, il valore 9F disabilita il BOD (mentre Adafruit consiglia di lasciarlo attivo, ma secondo me è una cosa che non serve essendo l'USBtinyISP alimentato a 5V dalla porta USB) e preserva la EEPROM interna dalla cancellatura durante l'erase del chip, una cosa che non influisce sull'uso dell'USBtinyISP.