bonjour
je crois que sa question concerne essentiellement ça :
J'utilise Arduino depuis peu et j'ai cru comprendre qu'il faut charger un bootloader sur les atmega que l'on achète nu
= comment charger un bootloader arduino sur un chip "atmega sortie d'usine" quand on a déjà un arduino fonctionnel 
une piste parmi d'autres
http://zenol.fr/site/2012/05/25/arduino-as-icsp-programmeur-pour-microcontroleurs-atmel/