if (zaehler >=0){ // wenn zaehler groesser oder gleich 0
Ist doch immer erfüllt ?
digitalWrite(ledPin[zaehler], HIGH);
digitalWrite(ledPin[zaehler], LOW);
Wird ständig durchlaufen. Bist Du dir sicher daß die LEDs nicht flimmern anstatt durchgehend zu leuchten ? In einer Geschwindigkeit, die das Auge nicht mehr wahrnehmen kann.
Edit:
Versuche mal folgende Ergänzung:
digitalWrite(ledPin[zaehler], HIGH);
delay(500);
digitalWrite(ledPin[zaehler], LOW);
delay(500);