Das Shield wird vermutlich auch die Pins 0 und 1 (serielle Schnittstelle) verwenden, um mit dem Arduino zu reden. Zieh das Shield ab, spiele den Sketch drauf und stekce das Shield wieder drauf. Das sollte helfen.
Was siehst Du denn im serial Monitor, wenn das Shield drauf steckt? Werden da die Zeilen des GPS-Recievers angezeigt?
Mario.