Yo te recomendaría baterías de litio (en tu caso las de 7.4 V que comentas) por que ganas espacio y capacidad.
Yo para cargar baterías utilizo este modulo, que lo tienes por ebay por menos de 2€ y te sirve para cargar solo una única celda de 3.7 V
Luego es buscar una batería para cualquier dispositivo a 3.7V que te sirva la capacidad y le pones un conector a tu gusto.
Que voltaje utilizas para todo 5V (no el Vin)? puedes utilizar solo una celda de 3.7V y un Step-Up para convertir el voltaje a 5V.