non ho tanto capito 
vedila così: il software non può sapere nulla lato arduino che arduino stesso non gli comunichi...
Se quindi vuoi scatenare diversi eventi (esecuzione di diversi programmi) in base a qualche informazione che ha Arduino (ad es. la pressione di pulsanti o la scansione di un RFID) questa informazione dovrà essere inviata da Arduino al PC dove è in ascolto il tuo programma che - in base a quello che riceve dall'arduino via seriale - eseguirà il suo compito.