Come non detto... Nel frattempo sono andato a cercare qualche informazione e mi sono schiarito un po' le idee...
Ho visto che esistono dei plugin per estendere le funzionalità dei vari IDE al nostro AVR. Si tratta ora di capire se Eclipse va d'accordo con qusti plugin sotto Mac OSX... Altrimenti proverò a cercare un'altrnativa.