dr.benway:
Dove sta il problema?
Intanto dovresti spiegare cosa intendi esattamente con "un paio di cicli" e poi se non posti tutto lo sketch è impossibile fare una analisi esatta del problema.
Posso solo azzardare una ipotesi, sei sicuro che durante il ciclo non vai a leggere locazioni della EEPROM che valgono 0x00 con il conseguente riporto su PORTD ?