la placa arduino uno y arduino mega son igual de rapidas. no solucionaras nada poniendo el mega.
no consigo ver porque te va mas lento, pero creo que es por el pulseIn.
deberias hacer una funcion que incluya el codigo de muestrear un ultrasonidos, a esa funcion le pasas como parametro el numero del pin donde esta conectado y que te devuelva la duración. así puedes tener cuantos sensores quieras sin tener que repetir todo el codigo. ademas creo que has separado el pulsein de el codigo del que encabezas como " // ----------PING 1-------" y creo que esta mal hecho. debe estar todo seguido.