Una considerazione sulle correnti in gioco, osservando attentamente la misura con il condensatore da 10 uf si vede chiaramente che il segnale DTR non va subito a 0 logico, come avviene in tutti gli altri casi, ma ci va in un certo tempo seguendo la curva di carica del condensatore da 100 nf.
La cosa è abbastanza logica perché la corrente che può scorrere nel circuito è limitata dalla somma dell'impedenza d'uscita del FTDI o 8u2, non dichiarate sul data sheet, e dalla ESR del condensatore che normalmente per un elettrolitico da 10 uf, non low esr, è una decina di ohm.
E' possibile stimare con buona precisione la reale corrente che scorre partendo dalla costante di tempo della variazione su DTR, circa 8 us per arrivare al valore di tensione dovuto a RC, con un semplice calcolo ci troviamo la resistenza serie equivalente e da questa la corrente di picco.
R = 8 us / 100 nf = 80 ohm.
Ip = 5V / 80 ohm = 62 mA.
Anche se è un valore di picco che dura meno di un us è superiore alla massima corrente ammessa su un GPIO del 8u2 o del FTDI, nel primo caso sono 40 mA nel secondo caso sono 24 mA.
Da notare che le misure sono state fatte sia su una UNO che su una 2009, sono totalmente identiche salvo l'ultima con il condensatore da 10 uf dove sulla 2009 il tempo di discesa verso lo 0 logico di DTR è maggiore, non mi ricordo di quanto e non ho salvato la misura, il che limita la corrente che passa sul FTDI a molto meno di 62 mA, sicuramente a causa del fatto che l'impedenza d'uscita è maggiore rispetto al 8u2.
Da tenere presente che il valore di corrente massimo sui GPIO riportato sui datasheet è riferito ad un flusso continuo e non ad una serie di impulsi, toccherebbe parlare di valore rms della corrente che ci porta ad un valore continuo equivalente quasi nullo nel nostro caso.
In tutti i casi sarebbe bene non superare lo stesso i valori massimi riportati dai data sheet, per ottenere il risultato basta inserire una resistenza di piccolo valore, 100 ohm dovrebbero bastare, in serie al condensatore per ridurre la corrente di picco a circa 20 mA sia con l'8u2 che con l'FTDI.
Cerco di verificare strumentalmente la cosa in giornata, sopratutto gli effetti sull'impulso di reset vero e proprio che dovrebbe rimanere ampiamente entro i margini di sicurezza, durata minore di 100 ns, per non resettare l'ATmega.