Janos:
Non lo vedo il supporto per l'encoder ma solo per il decoder. In pratica è in grado di generare due treni di impulsi sfasati di 90° come se fosse arduino stesso un encoder. Spesso i brushless vengono pilotati proprio così.
Il decoder serve per leggere l'encoder 
Il data sheet cita testualmente "Quadrature Decoder Logic and 2-bit Gray Up/Down Counter", ovvero prevede un modulo decoder in quadratura per acquisire i dati da un encoder a doppio canale, può essere di qualunque tecnologia.
Inutile aggiungere che se devi gestire più motori dotati di encoder non ha alcun senso utilizzare un SAM3X per ogni motore, molto meglio usare una mcu low cost dedicata alla decodifica in quadratura che passa i dati al SAM, meglio ancora una MCU dotata di modulo QEI verticalizzata per il controllo dei motori quale il PIC18F2431 o un dsPIC33 serie MC (Motion Control) che può gestire due encoder e due motori con un solo micro.