Un modo per sapere se il bootloader funziona ci sarebbe. Se hai scaricato il mio pckage, apri il file /hardware/arduino/booloaders/1284p/optiboot.c e cercare intorno alla riga 187 il seguente codice:
#ifndef LED_START_FLASHES
#define LED_START_FLASHES 0
#endif
Metti il numero di flash che vuoi e poi ricompila.