E se tentares correr o arduino como root? Instalaste isso como pelo gestor de pacotes ou usando o apt-get?
Podes nao ter permisao para aceder a porta.
Abre a consola e escreve
hugo@Linux-Hugo:~$ sudo arduino
Depois tenta enviar o skeetch
Se der entao tens de dar permisao na pasta do arduino para o grupo de utilizadores que nao root.